Kể từ cuối thế kỷ 19, Chitwan - Trái tim của rừng nhiệt đới từng là nơi săn bắn yêu thích của tầng lớp cai trị ở Nepal trong những mùa đông mát mẻ. Cho đến những năm 1950, hành trình đi từ Kathmandu đến phía nam của Nepal rất gian nan vì khu vực này chỉ có thể đi bộ và phải mất vài tuần. Các khu trại đầy đủ tiện nghi đã được thiết lập cho các thợ săn thú lớn và đoàn tùy tùng của họ, nơi họ ở lại trong một vài tháng để săn bắn hàng trăm con hổ Bengal, tê giác, báo và gấu lợn.[3]

Vào năm 1950, rừng và đồng cỏ của Chitwan đã mở rộng tới hơn 2.600 km2 (1.000 dặm vuông Anh) và là nhà của khoảng 800 cá thể tê giác quý hiếm. Khi những người nông dân nghèo từ giữa các đồi chuyển đến thung lũng Chitwan để tìm kiếm đất canh tác cho nông nghiệp, khu vực này sau đó đã được khai khẩn để định cư và nạn săn trộm động vật hoang dã dần trở nên không thể kiểm soát. Năm 1957, luật bảo tồn đầu tiên của Nepal áp dụng việc bảo vệ tê giác và môi trường sống của chúng. Năm 1959, Edward Pritchard Gee đã thực hiện một cuộc khảo sát về khu vực này, đề nghị tạo ra một khu vực bảo vệ ở phía bắc sông Rapti và một khu bảo tồn động vật hoang dã phía nam sông trong thời gian thử nghiệm 10 năm.[4] Sau cuộc điều tra tiếp theo của ông về Chitwan năm 1963, lần này là có cả sự tham gia của Hiệp hội Bảo tồn Động vật và Thực vật Quốc tế và Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế, ông đã đề nghị mở rộng khu bảo tồn xuống phía nam.[5]

Đến cuối những năm 1960, 70% rừng rậm của Chitwan đã bị xóa sổ, bệnh sốt rét đã được ngăn chặn bằng DDT, hàng ngàn người đã định cư ở đó và chỉ còn 95 con tê giác. Sự suy giảm nghiêm trọng về số lượng tê giác và mức độ săn trộm gia tăng đã buộc chính phủ phải cho thành lập Gaida Gasti - một đội tuần tra trinh sát tê giác gồm 130 người trang bị vũ trang và một mạng lưới các đồn bảo vệ khắp Chitwan. Để ngăn chặn sự tuyệt chủng của tê giác, vườn quốc gia Chitwan đã được công bố vào tháng 12 năm 1970 với ranh giới được phân định vào năm sau đó và được thành lập chính thức vào năm 1973 ban đầu có diện tích 544 km2 (210 dặm vuông Anh).[6]

Khi vườn quốc gia được thành lập thì cộng đồng người Tharu buộc phải di dời khỏi vùng đất truyền thống của họ. Họ đã bị từ chối bất kỳ quyền sở hữu đất đai nào trong ranh giới vườn quốc gia khiến họ bị rơi vào tình trạng không có đất đai và nghèo đói. Binh lính Nepal đã phá hủy các ngôi làng nằm bên trong ranh giới, đốt cháy nhà cửa và cưỡng chế những người đang cố cày ruộng. Một số binh lính dùng vũ lực đe dọa người Tharu buộc họ phải rời đi. Vào năm 1977, vườn quốc gia mở rộng lên thành 932 km2 (360 dặm vuông Anh). Đến năm 1997, một vùng đệm rộng 766,1 km2 (295,8 dặm vuông Anh) đã được thêm vào ở phía bắc và tây của hệ thống sông Narayani-Rapti, nằm giữa ranh giới phía đông nam của vườn quốc gia và biên giới quốc tế với Ấn Độ.[1]

Hiện nay, trụ sở chính của cơ quan quản lý vườn quốc gia nằm tại làng Kasara. Gần đó là các trung tâm nhân giống cá sấu Ấn Độ và rùa được thành lập. Vào năm 2008, một trung tâm nhân giống kền kền đã được khánh thành nhằm mục đích nuôi giữ 25 cặp thuộc hai loài kền kền đang bị đe dọa nghiêm trọng ở mức cực kỳ nguy cấp tại Nepal là kền kền lưng trắng phương Đông và kền kền mỏ nhỏ.